A kezelés földre terített matracon történik, a kliens kényelmes, laza ruhában fekszik, lazul, pihen. Kérem ezért, hogy ha Shiatsura érkezik, hozzon magával kényelmes (cipzár, gomb, kapucni nélküli) váltóruhát, zoknit.
A kezelő a test megfelelő részén (legtöbbször a meridiánok vonalán és pontjain) finom, mélyre ható nyomást gyakorol.
Az ujjnyomás mellett a Shiatsu különböző technikákat használ: ujjal, tenyérrel, könyökkel, alkarral, térddel történő ringatásokat, kopogtatásokat, nyomásokat, nyújtásokat, illetve egészen finom érintéseket is. Ezek legtöbbször kellemes érzeteket és mély ellazulást eredményeznek.
Néha egy-egy nyomás, vagy nyújtás kisebb, „jóleső” fájdalommal járhat, a végeredmény azonban legtöbbször azonos: mély ellazulás, belső elcsendesedés, pihenés, feltöltődés.
A fent említett technikákon túl a test bizonyos részeinek (különösen végtagok, ízületek) átmozgatása is a kezelés része, mellyel szintén a test energiaáramlását kívánjuk megtámogatni.
Bizonyos esetekben, a tünetektől és a kezelés közbeni tapasztalatoktól függően beépülhetnek a Shiatsu kezelésekbe oszteopata, fascia illetve cranio-sacralis technikák is.
Nincs két egyforma kezelés. A kezelő a kliens panaszai, szükségletei, illetve saját érzékelése szerint állítja össze a folyamatot, melyet gyakran menet közben alakít.
A Shiatsu során a kezelő fókuszált, a hétköznapitól eltérő tudatállapotban dolgozik, mely lehetővé teszi a test finom jelzéseinek, változásainak érzékelését. Egyfajta meditatív állapot ez, melyben nagy szerepe van a tudatos jelenlétnek és az intuíciónak.
A kezelést rövid beszélgetés, állapotfelmérés előzheti meg, és a végén is van lehetőség a tapasztalatok megosztására. A kezelés maga azonban teljes csendben történik. Egy teljes Shiatsu időtartama kb. egy óra.